PT KBN Prima Logistik pada awalnya merupakan Unit Usaha Pelayanan Logistik PT KBN (Persero), hasil penggabungan Divisi Pergudangan dan Divisi Forwarding. Penggabungan itu dilakukan pada tahun 2003. Kedua Divisi tersebut merupakan unit penunjang dari bisnis utama PT KBN (Persero) yaitu properti. Setelah digabung menjadi Unit Usaha Pelayanan Logistik, maka statusnya bukan lagi sebagai unit penunjang tetapi sudah menjadi Strategic Business Unit (SBU) Pelayanan Logistik.

Untuk memenuhi ketentuan Peraturan Menteri Perhubungan RI Nomor 49 Tahun 2017 tentang Penyelenggaraan dan Pengusahaan Jasa Transportasi, SBU Pelayanan Logistik diubah menjadi anak usaha dengan nama PT KBN Prima Logistik, dan bertujuan meningkatkan nilai tambah dan daya saing serta mengoptimalkan pelayanan kepada pelanggan. 

PT KBN Prima Logistik didirikan berdasarkan Akta Pendirian Nomor 05 Tanggal 21 Agustus 2019 yang dibuat oleh Notaris Mastuti Betta, SH dan telah disahkan oleh Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia, sesuai Surat Keputusan Nomor AHU-0043236.AH.01.01.Tahun 2019, dengan komposisi saham PT KBN (Persero) 99% dan Koperasi Karyawan PT KBN (Persero) 1%, dan mulai beroperasi pada Januari 2020.